Osobit interes pokazivao je za liturgiju. Kako je i sam naveo to je mjesto susreta s Bogom; ona je vrhunac umjetničkog ostvarenja. Bez imalo predrasuda i ograničenja, prihvaća vjeru Crkve u stvarno Kristovo postojanje u Euharistiji te u svom dnevniku piše kako je „Pričest je izvor života!“. Iz tog su razloga, „žrtva“, „euharistija“ i „apostolat“, tri riječi koje i danas stoje uklesane na njegovu grobu. Blažena Djevica Marija imala je posve određenu ulogu u Ivanovu životu kojoj upravlja iskrene i dirljive molitve.
Ivan Merz postaje moralni vođa katoličkoj mladeži, a u javnost uvodi novi način razmišljanja, osjećanja i prosuđivanja kroz duhovne okvire. U svome odgojnom radu s mladima, napose posljednjih godina svoga života, Ivan je veliku pozornost posvećivao moralnim problemima. Proučavao je sve ono što su crkveno Učiteljstvo, pape i biskupi po svijetu o tome pisali i naučavali. Posebna mu je briga bila da kod mladih stvori ispravne pojmove i shvaćanje ljubavi, braka, čistoće i seksualnosti.
Umro je 10. svibnja 1928. godine. Vijest da je Ivan otišao u vječni život, munjevitom se brzinom proširila po Zagrebu, a onda i cijelom Hrvatskom. Iza sebe je ostavio neizbrisiv trag o kojem svjedoče mnoge knjige, članci te imena kojima su ga nazivali – “Svjetlo na gori”, “Vitez Božji”, “Brat vitez”, “Anđeo tješitelj”, “Vitez Krista Kralja”, “Papin čovjek”, “Božji čovjek”, samo su neka od njih. Njegovi posmrtni ostaci danas se nalaze u Bazilici Srca Isusova u zagrebačkoj Palmotićevoj ulici.